Kiểm tra nội bộ được thực hiện theo Quyết định số 2009/QĐ-TCHQ ngày 10/7/2019 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành Quy chế kiểm tra nội bộ trong ngành Hải quan.
Quy chế quy định về hoạt động kiểm tra công vụ và xử lý vi phạm đối với công chức, viên chức trong ngành Hải quan có hành vi vi phạm pháp luật, vi phạm các quy chế, quy trình, quy định của ngành Hải quan nhưng chưa đến mức truy cứu trách nhiệm hình sự.
Bên cạnh đó, kiểm tra nội bộ được thực hiện theo Quyết định số 2009/QĐ-TCHQ ngày 10/7/2019 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan ban hành Quy chế kiểm tra nội bộ trong ngành Hải quan.
Đồng thời, kiểm tra, kiểm soát nội bộ được thực hiện theo các quy định tại Quyết định số 4398/QĐ-TCHQ ngày 20/12/2016 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc ban hành Quy chế kiểm tra, kiểm soát nội bộ đối với việc thực hiện thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan;
Kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm thực hiện theo Quyết định số 4273/QĐ-TCHQ ngày 26/12/2017 của Tổng cục trưởng Tổng cục Hải quan về việc ban hành Quy chế kiểm tra theo dấu hiệu vi phạm nghiệp vụ trong ngành Hải quan.
12 hành vi vi phạm của công chức, viên chức Hải quan sẽ bị xem xét xử lý
Quy chế cũng nêu rõ các hành vi vi phạm hoặc vi phạm pháp luật khác khi thi hành công vụ của công chức, viên chức Hải quan thì bị xem xét xử lý gồm:
1. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực chấp hành kỷ cương, kỷ luật; công tác lãnh đạo, quản lý, điều hành và công tác tổ chức cán bộ.
2. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Giám sát quản lý về hải quan.
3. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Thuế xuất nhập khẩu.
4. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Kiểm soát hải quan và Điều tra chống buôn lậu.
5. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Thanh tra - Kiểm tra.
6. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Kiểm tra sau thông quan.
7. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Quản lý rủi ro.
8. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Kiểm định Hải quan.
9. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Công nghệ thông tin.
10. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Văn phòng.
11. Hành vi vi phạm trong lĩnh vực Tài vụ quản trị.
12. Hành vi vi phạm pháp luật trong thi hành pháp luật về xử lý vi phạm hành chính và trong lĩnh vực hệ thống thông tin quản lý vi phạm hải quan.