Theo kế hoạch thì tại tuyến tỉnh, Ban Chỉ đạo giao Sở Y tế tham mưu tổ chức 3 đợt thanh tra, kiểm tra liên ngành về an toàn thực phẩm. Nội dung thanh tra, kiểm tra sẽ tập trung vào việc đảm bảo chất lượng thực phẩm đối với các khâu nguồn gốc nguyên liệu, vận chuyển, bảo quản, quá trình sản xuất, chế biến, lưu thông trên thị trường, việc sử dụng chất cấm trong chăn nuôi, kiểm soát nguồn gốc xuất xứ, hạn sử dụng và việc thực hiện các quy định về sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu thực phẩm của các cơ sở.
Tại tuyến huyện, thị xã, tùy theo tình hình thực tế, ban chỉ đạo liên ngành an toàn thực phẩm các địa phương phối hợp với các phòng, ban triển khai thanh tra, kiểm tra tại các cơ sở thực phẩm thuộc phạm vi quản lý. Ngoài các đợt thanh tra, kiểm tra cố định, Ban Chỉ đạo liên ngành an toàn thực phẩm sẽ chỉ đạo và tổ chức các đợt thanh tra, kiểm tra đột xuất khi cần.