Tại cuộc họp báo ở Edinbourh, ông Yousaf cho biết sẽ rời nhiệm sở sau khi người kế nhiệm được bổ nhiệm.
Tuyên bố từ chức của ông Yousaf được đưa ra trước khi cuộc bỏ phiếu bất tín nhiệm đối với Thủ hiến và chính quyền vùng Scotland được tổ chức.
Sự ra đi của ông Yousaf là thách thức mới nhất trong hàng loạt vấn đề đau đầu của SNP, hiện đang đối mặt với cuộc điều tra của cảnh sát về vấn đề tài chính.
Người kế nhiệm ông Yousaf sẽ gánh trách nhiệm lãnh đạo SNP vượt qua cuộc tổng tuyển cử, trong đó Công đảng đối lập hy vọng giành quyền lực ở Hạ viện từ tay đảng Bảo thủ cầm quyền bằng cách giành hàng loạt ghế của các nghị sĩ đảng SNP.
Ông Yousaf từ chức chỉ chưa đầy 1 năm lên nắm quyền với tư cách Thủ hiến trẻ nhất, thuộc sắc tộc thiểu số đầu tiên của Scotland và là nhà lãnh đạo Hồi giáo đầu tiên của một chính đảng lớn ở Anh.
Tuần trước, ông Yousaf hủy bỏ thỏa thuận chia sẻ quyền lực với đảng Xanh ở Scotland nhằm thiết lập lại vai trò lãnh đạo hướng tới nền chính trị với một chính quyền thiểu số tại Scotland. SNP hiện chiếm 63 ghế trong cơ quan lập pháp Scotland, thiếu 2 ghế để chiếm đa số tại cơ quan này.
Tuy nhiên, sau khi ông Yousaf hủy bỏ liên minh chia sẻ quyền lực, đảng Bảo thủ tại Scotland trình kiến nghị bỏ phiếu bất tín nhiệm đối với Thủ hiến Scotland trong khi Công đảng yêu cầu bỏ phiếu bất tín nhiệm đối với chính phủ.
Ông Yousaf sẽ cần thuyết phục ít nhất một nghị sĩ thuộc đảng đối lập bỏ phiếu cho ông và chính phủ để vượt qua cuộc bỏ phiếu, song các thành viên đảng Xanh, đối tác của SNP trong liên minh chia sẻ quyền lực, kiên quyết phản đối vai trò lãnh đạo của ông. Nguy cơ thất bại trong cuộc bỏ phiếu bất tín nhiệm buộc ông Yousaf phải từ chức.
Các ứng viên trong cuộc đua kế nhiệm ông Yousaf gồm bà Kate Forbe, người đứng thứ hai trong cuộc đua giành vị trí lãnh đạo SNP vào năm ngoái; ông John Swinney, cựu Phó thủ hiến; và ông Neil Gray, một đồng minh của ông Yousaf.